Das Gift verursacht Erbrechen und Bauchschmerzen, einen schmerzhaften Durchfall und führt zum Zusammenbruch des Kreislaufes und zum Herz­ und Atemstillstand. Ein Aufguß einer Handvoll Nadeln oder der Verzehr von rund 30 Beeren ist für Erwachsene tödlich. Besonders gefährdet sind Kinder, wenn sie die roten "Früchte" samt der Samen verzehren. Die rote Samenhülle ist zwar ungiftig, der Samen selber aber enthält das Gift Taxin. Dagegen sind die Samen für Vögel ungiftig. Diese sorgen für eine natürliche Vermehrung der Eibe, in dem sie die Samen fressen. Die rote Samenhülle wird verdaut, während der Same unverdaut ausgeschieden wird. Durch das Andauen bei der Darmpassage sind die Samen keimfähiger, Speziell die Drosseln sollen auf diese Weise die Eibe verbreiten. Ebenfalls immun gegen das Taxin sind Rehe und Hirsche, sie verbeißen junge Eiben.

Die Eibe, so Lonitzer, soll "so gifftig seyn/ daß auch die jenige/ so darunder schlaffem oder essen/ um ihr leben kommen/ welches insbesonderheit geschicht/ wann er blühet". Diese Aussage von Lonitzer ist ins Reich der Fabel zu verweisen, allerdings soll Eibenholz Dermatitis und Kopfschmerzen verursachen können. Im Mittelalter war das Holz der Eibe für Bogen und Armbrüste, aber auch für Speere sehr begehrt. Dafür eignete sich das Eibenholz besonders, da es bei der Trocknung kaum zur Rissbildung oder Deformation neigt, hochelastisch, sehr schwer, hart und verwitterungsbeständig ist. In der Nähe von Burgen und Städten sind deshalb häufig Eibe angepflanzt worden, um einen ausreichenden Nachschub an Eibenholz zu gewährleisten. Diese Eibenpflanzungen standen häufig unter Schutz. Erst als Bogen und Armbrüste ihre Bedeutung verloren, konnten die Eiben ungestraft geschlagen werden.

Das Eibenholz stellte im Mittelalter einen Wirtschaftsfaktor dar. Es wird berichtet, das jährlich zehntausende Stämme auf den Hauptmarkt nach Nürnberg gebracht wurden. Aus der Schweiz ist das Eibenholz in großen Mengen nach England exportiert worden. Dabei fand ein solcher Raubbau statt„ das 1689 in den Ostalpen praktisch keine schlagbaren Eiben mehr wuchsen. Nur an unzugänglichen Steilhängen überlebte die Eibe. Für die Pferde der Fuhrleute, welche die Hölzer transportierten, war die Eibe existenzbedrohend. Ein Pferd, das Eibentriebe frißt, stirbt innerhalb weniger Minuten. Die Fuhrleute schnitten deshalb Stockausschläge der verbliebenen Eibenstubben weg.

Eine Renaissance erlebte die Eibe dann in den Barockgärten als Zierbaum und -Strauch. Heute ist sie in fast allen Parkanlagen und auf Friedhöfen angepflanzt. Eiben wachsen relativ langsam und lassen sich leicht in Form schneiden. Die älteste Eibe weist ein geschätztes Alter von rund 3.000 Jahren auf. Sie wächst in Fortingall in Schottland. Die älteste deutsche Eibe wird auf 1.500 Jahre geschätzt, sie steht in Mönchshagen in Mecklenburg. Die in Deutschland geschützte Eibe ist ein Tertiärrelikt, das heißt, dass sie seit rund 60 Millionen Jahren unverändert auf der nördlichen Erdhalbkugel vorkommt. Das heute in der Schnitzerei und Drechslerei und zu Furnieren verarbeitete Eibenholz wird aus dem Iran und dem Kaukasus importiert. Daneben wird das Eibenholz, das sich gut polieren und beizen lässt, zu Pfeifenröhren und Spazierstöcken verarbeitet.

Aus kultivierten Exemplaren der Eibe wird heute auf halbsynthetischem Weg das Paclitaxel (Taxol) gewonnen. das zur Behandlung von Brustkrebs und Eierstockkrebs eingesetzt wird. Eine Gewinnung aus der Pazifischen Eibe (Taxus brevifolia), deren Rinde diese Substanz enthält, ist wegen der in ihr enthaltenen geringen Menge nicht möglich. Es müssten sechs 100 Jahre alte Bäume verarbeitet werden, um genügend Medzin für einen Krebspatienten zu gewinnen.